La temporada 2003/04 del Flamengo fue un período difícil e inestable, definido por problemas financieros, rotación de entrenadores y batallas para evitar el descenso.
En 2003 , el Flamengo sufrió un desastroso Campeonato Brasileiro , terminando en el puesto 20 de 24 equipos y evitando el descenso por poco. A pesar de la presencia de jugadores como Felipe , André Santos y Edílson , la inconsistencia y la fragilidad defensiva plagaron al equipo.
La situación no mejoró mucho en 2004 , aunque el Flamengo encontró cierta estabilidad al final de la temporada con Abel Braga , terminando 17.º. La salvación del club ese año fue ganar el Campeonato Carioca , derrotando al Vasco da Gama en la final, un punto brillante en una racha por lo demás sombría.
En general, la temporada 2003/04 fue una era de supervivencia para Flamengo, manteniendo al club a flote durante uno de sus períodos modernos más difíciles.